อุทยานแห่งชาติเขาสก เป็นเขาหินปูน พื้นที่โดยทั่วไปจึงมีแนวโน้ม ที่จะประกอบไปด้วย หลุมยุบ บ่อ ถ้ำ ร่องหินปูน และทางน้ำใต้ดิน ที่เป็นช่องทางนำพา เอาเนื้อหินปูน แทรกซึมหายเข้าไป เช่นเดียวกับตั้งน้ำ มีลักษณะภูมิประเทศ เป็นภูเขาสูง ที่ถูกกัดเซาะจ นขาดออกจากกัน กลายเป็นหน้าผาหัน หน้าเข้าหากัน มีคลองศก ไหลลอดผ่าน ทางเบื้องล่าง เป็นวังน้ำลึกมาก มีปลาชุกชุม