การฆ่าเชื้อในน้ำทะเล อาจกระทำได้ในหลายๆ รูปแบบ ทั้งนี้ขึ้นอยู่กับค่าใช้จ่าย และความเหมาะสม ซึ่งจะแตกต่างกันไป ในที่นี้จะได้กล่าวถึง การฆ่าเชื้อในน้ำทะเล 3 แบบ ซึ่งเป็นที่นิยม ใช้ในการทำความสะอาด หอยโดยวิธี Depuration
1. การฆ่าเชื้อโดยแสงอัลตราไวโอเลต (UV.) แสงอัลตร้าไวโอเลต เป็นที่นิยมใช้ในการฆ่าเชื้อ ในน้ำทะเลโดยสามารถ ใช้กำจัดแบคทีเรีย ไวรัส และจุลชีพอื่นๆ ได้ดี ประสิทธิภาพของการฆ่าเชื้อขึ้น อยู่กับความเข้มของแสง ความขุ่นใสของน้ำรวมไป ถึงอายุการใช้งานของหลอด ฉายแสงอีกด้วย โดยทั่วไปความเข้มของแสง 35,000 ไมโครวัตต์ วินาทีต่อพื้นที่ 1 ตารางเซนติเมตร สามารถกำจัดจุลชีพต่างๆ ได้ดี ประสิทธิภาพของการฆ่าเชื้อ ขึ้นอยู่กับความเข้มของแสง ความขุ่นใสของน้ำรวม ไปถึงอายุการใช้งานของหลอด ฉายแสงอีกด้วย โดยทั่วไป ความเข้มของแสง 35,000 ไมโครวัตต์ วินาทีต่อพื้นที่ 1 ตารางเซนติเมตร สามารถกำจัดจุลชีพต่างๆ ได้ดี ข้อดีของการฆ่าเชื้อ โดยแสง อัลตราไวโอเลต คือ สะดวกในการทำงาน อย่างไรก็ตามราคา เครื่องฉายแสงอัลตราไวโอเลต มีราคาค่อนข้างแพง
2. การฆ่าเชื้อโดยก๊าซโอโซน (O3) การฆ่าเชื้อในน้ำทะเล โดยใช้โอโซน เป็นวิธีหนึ่งที่นิยมใช้แพร่หลาย ในโรงทำความสะอาดหอย แบบ Depuration ปริมาณความเข้มข้น ที่ใช้อยู่ระหว่าง 1.5-3.0 มิลลิกรัม/ลิตร ข้อเสียของการฆ่าเชื้อ ในน้ำทะเลโดยวิธีนี้ คือเครื่องผลิต ก๊าซโอโซน มีราคาแพง และค่าใช้จ่ายค่อนข้างสูง ขณะที่ข้อดีคือ สามารถทำงานได้สะดวกและรวดเร็ว
3. การฆ่าเชื้อในน้ำทะเลโดยก๊าซคลอรีน (Cl2) ก๊าซคลอรีนใช้เป็นตัวฆ่าเชื้อโรคในน้ำทะเลได้ดี และมีราคาถูก โดยทั่วไปใช้ความเข้มข้น ประมาณ 3-5 มิลลิกรัม/ลิตร ทิ้งไว้ 12 ชั่วโมง แล้วใช้สารโซเดียมไทโอซับเฟต (บางตำราใช้สารโซเดียมไฮโปซัลไฟด์) เพื่อกำจัดคลอรีน ที่อาจที่หลงเหลือ ให้หมดสิ้น จากนั้นจึงสามารถนำไปใช้ในการทำ Depuration ได้ อย่างไรก็ตาม ศุภพงศ์ และโอฬาร (2532) ได้กล่าวถึงข้อดีข้อเสีย ของเทคนิคการฆ่าเชื้อ ในน้ำทะเลเพื่อใช้ใน การทำความสะอาด หอยนางรมแบบต่างๆ