ศัตรูหอยนางรมประกอบด้วยสัตว์น้ำหลายชนิด ที่สำคัญได้แก่
- หอยฝาเดียว หอยฝาเดียวบางชนิดจัดได้ว่าเป็นศัตรูของหอยนางรมโดยตรงโดยเฉพาะหอยฝาเดียวในครอบครัว Tritonidae และ Naticidae เช่น หอยหมู่ (Thais spp.) หอยมะระ (Melongina spp.)
- ปู ปูทั้งชนิดที่ว่ายน้ำได้และหากินตามพื้นท้องทะเลนับเป็นศัตรูที่สำคัญของหอยนางรม
- ปลาดาว
- ปลา ปลาทะเลที่มีฟันแหลมคมหลายชนิด เช่น ปลากระเบน ปลานกแก้ว
- นก
การเลี้ยงหอยนางรม ในเขตชายฝั่ง ที่ได้รับอิทธิพล ของการขึ้นลง ของน้ำทะเล โดยเฉพาะในช่วงน้ำ ลงลูกหอยนางรม ที่มีขนาดเล็ก มักตกเป็นเหยื่อ ของพวกนก ได้โดยง่าย