สภาพป่าทั่วทั้งพื้นที่มีสภาพเป็นป่าดงดิบชื้น มีพันธุ์ไม้มีค่า นานาชนิดขึ้น คละปะปนกันอยู่อย่างหนาแน่น เรือนยอดต่อเนื่องจากชั้นบนสุดจนถึงพื้นดิน พันธุ์ไม้ที่พบได้แก่ ยางเสียน (Dipterocapus gracilis Bl.) ยางยูง (Dipterocarpus grandiflorus Blanco) ยางวาด ( D. chartaceus Syming) ยางเสี้ยน (D. gracilis Bl.) ยางนา (D. alatus Roxb.) ตะเคียนทอง (Hopea odorata Roxb) ตะเคียนราก (H. latifolia ) ตะเคียนชันตาแมว (Neobalanocarpus heimii) แอ๊ก (Shorea glauca) สยา (S. laevi) กาลอ (S. faguetiana) ตะเคียนสามพอน (S. gratissim) กะบากหิน (S. hypochr) สยาแดง (S. curtisii) มารันตี (S. dasyphylla) สยาขาว (S. leprosula) ชันหอย (S. macroptera) สยาเหลือง (S. parvifolia) พันจำดง (Vatica lowi) พันจำ (V. mangachapo) ไข่เขียว (Parashorea stellata Kurz ) ไม้ในวงศ์อื่นๆ ที่พบมากได้แก่ ตังหนใบใหญ่ (Calophyllum soualatti Burm.) หลุมพอ (Intsia palembunica) กระท้อน (Sandoricum indica) ตีนเป็ดแดง (Dyera costulata) เนียง (Archidendron jiringa ) เหรียง (Parkia timoriana ) สะตอ (Parkia speciosa ) นาคบุตร (Mesua nervosa Planch & Triana) จิกเขา (Barringtonia fusiformnis King) คันเหลน (Canthium nitidum Craib) ทุเรียนนก (Durio griffithii Bakh.) คอแห้ง (Grewia cuspido – serrata Burret) สังกะโต้ง (Aglaia andamanica Hiern) ไหม้ (Diospyros tahanensis Bakh.) กราย (Xylopia malayana Mook.f. & Th.) เนียงป่า (Archidendron jiringa Mielsen) สั่งทำ (Diospyros buxifolia Bl.ex Miern) ดำ (Diospyros bramdissiana) กระดูกค่าง (Aporusa aurea Hook.f.) แดงเขา (Eugenia circumcissa Gagnep.) พันธุ์ไม้ในวงศ์ปาล์ม (Arecaceae) ขึ้นผสมในป่า ได้แก่ หมากพน (Orania sylvicola) ค้อ (Livistona speciosa) หลาวชะโอนเขา (Oncosperma horrida) ฉก ( Arenga pinnata) กะพ้อ (Licuala palludosa) พันธุ์ไม้ในกลุ่มหวายได้แก่ หวายกำพวน ( Calamus bousigonii) หวายงวย ( C. Peregrinus) หวายเดาใหญ่ (Korthansia grandis) หวายน้ำ (Daemonorops angustifolia) หวายขี้เป็ด (D. didymophyllum) หวายกุ้ง (Myrialepis scortechinii) เป็นต้น และมีไผ่เฉียงรุน (Phyllostachys pubescens) เป็นไม้ไผ่ขนาดใหญ่ที่สุด เท่าที่เคยสำรวจ พบในประเทศไทย มีเส้นรอบวงประมาณ 60-80 เซนติเมตร ขนาดลำต้นยาวประมาณ 30-40 เมตร ความหนาของเนื้อไม้ประมาณ 1 นิ้วฟุต ไผ่เฉียงรุน จะไม่ขึ้นปะปน กับไม้ไผ่ชนิดอื่น จะอยู่เป็นหมู่ๆ กอละ 20-30 ลำ สำรวจพบอยู่บนพื้นที่ประมาณ 30 ไร่ บนเขาพรุชิง
รายละเอียดพันธุ์ไม้จำแนกตามประเภทป่า ในเขตอุทยานแห่งชาติคลองพนม ดังแสดงในตารางที่ 2.2-7
ตารางที่ 2.2-7 ชนิดพันธุ์ไม้เด่นในเขตพื้นที่อุทยานแห่งชาติคลองพนม
กล่าวโดยสรุป พันธุ์ไม้ที่โดดเด่นและน่าสนใจในเขตอุทยานแห่งชาติคลองพนม ได้แก่